Онлайн-базы данных наблюдений птиц

Все вопросы по программе "Фаунистика" Российской сети изучения и охраны пернатых хищников и работе в Веб-ГИС "Фаунистика"

Онлайн-базы данных наблюдений птиц

Сообщение tester » 26 окт 2014, 18:54

На досуге я озадачился развитием онлайн-баз наблюдений в Мире и в России в частности и решил что не помешало бы создать тему, в которой аккумулировать ссылочки на эти ресурсы.
На нашем сайте имеются ссылки на самые раскрученные онлайн-базы.
В первую очередь это Map of Life. Этот ресурс (МОЛ) собирает и объединяет данные из различные источников, описывающих распределение видов по всему миру. Данные включают в себя как точечные наблюдения, так и экспертные карты ареалов видов от основных поставщиков, таких как МСОП, ВФП, ГБИФ, и др. Все активы данных хранятся в облаке, осуществляется их резервное копирование, свободный доступ к данным организован через http. Система использует JavaScript, HTML5, Google App Engine и CartoDB. На стороне сервера, все запросы данных обрабатываются Google App Engine, который содержит индексы данных и кэш. Если данные не индексируются или в кэше, Google App Engine отправляет запрос HTTP к CartoDB используя карты или SQL API. Полученные данные, в том числе фрагментов карты и документы GeoJSON кэшируются для будущих запросов.
Вообще система очень интересна c точки зрения аккумуляции разноплановых данных в одном месте. Для примера кидаю картинку с точечными данными о балобане, подсасываемых в МОЛ из двух самых крупных источников: Global Biodiversity Information Facility (GBIF) и eBird.
Saker Falcon from GBIF in Map of Life

Saker Falcon from eBird in Map of Life

А это полигональные темы ареалов, подсасываемые в МОЛ из BirdLife и Jetz Bird Range Maps
Saker Falcon in MOL: BirdLife International and Natureserve (2011) Bird species distribution maps of the world.

Saker Falcon in MOL: Jetz Bird Range Maps

Map of Life только аккумулирует и отображает данные. Для того, чтобы эти данные попали в Map of Life их надо физически внести в одну из краудсорсинговых или корпоративных онлайн-баз. Вот про них сейчас подробнее.

Самая раскрученная онлайн-база данных наблюдений птиц - это eBird (она кстати давно уже отображается во фрейме на нашем сайте). Классическая краудсорсинговая система, в которую любой желающий может внести свой чек-лист наблюдений птиц с численностью и даже добавить фотку. Система имеет свой API, огромнейший набор инструментов по обработке и визуализации данных.
Серые кластеры - те кластеры, которые содержат наблюдения

Система активно развивается в штатах, довольно серьёзно в Индии и Австралии, а вот в Европе у неё есть серьезные конкуренты, в виде Observado. В России конечно же поклонников eBirdа нет - отпугивает английский. Вот здесь можно наблюдать в режиме реального времени как валятся в систему наблюдения.
А это картинка с наблюдениями балобана из eBird
Saker Falcon in eBird


Менее известная онлайн-база данных наблюдений всего живого - Global Biodiversity Information Facility (GBIF). Очень мудренная процедура становления пользователем системы, поэтому она и не так популярна среди ученого люда, а тем более простых любителей. Нет интерактива - точки на карте не активные, следовательно для стороннего пользователя она мало интересна. Тем не менее, данных в ней довольно много.
Картинка наблюдений того же балобана в GBIF несколько отличается от той, которая представленна в МОЛ как бы по данным из этой системы. В чем то есть секрет. Возможно не все вкладчики свои данные открывают через сервис самого GBIF, но API системы отдает их в МОЛ.
Saker Falcon in GBIF

К слову, Игорь порадуется - в системе признаются следующие подвиды балобана:
Falco cherrug subsp. cherrug
Falco cherrug coatsi Dementiev, 1945
Falco cherrug hendersoni Hume, 1871
Falco cherrug milvipes Jerdon, 1871

Основной европейский конкурент eBird - Observado, фреймом также отображается на нашем сайте. Удобный и понятный интерфейс внесения наблюдений, в том числе с фотографиями, автоматическая привязка фоток с геотегами, делает систему сильным конкрентом на мировой арене онлайн-баз наблюдений. К тому же в отличие от eBird система ориентирована на внесение данных по объектам всего животного и растительного мира.
Вот тут интерактивная картинка наблюдений балобана в гугловской карте, здесь выборка фоток, а здесь статистика наблюдений. Меня конечно напрягло то, что надо совершать лишние телодвижения, чтобы отыскать нужные наблюдения на карте, также как и посмотреть привязку к карте фоток. Но в целом система порадовала своей понятностью и доступным функционалом.
Saker Falcon in Observado


Один из самых раскрученных птичьих сайтов мира Avibase тоже предоставляет услуги по ведению личной онлайн-БД по птицам. Регишся и вносишь данные. Не понял кто и как ими кроме самого пользователя и админа может пользоваться, но система интегрирована с eBird, куда чеклисты можно отправлять нажатием кнопки.

Среди онлайн-баз данных наблюдений птиц много национальных систем, не претендующих на глобальность.
Интереснейший продукт - израильская онлайн-база наблюдения птиц на которую ссылку недавно Игорь подкинул. Она правда на иврите, но даже не зная его понятно как устроена система. Легко понятно как вносить данные, прямо на главной странице реализована БД и Карта, причем со связью в реальном времени между картой и базой, имеются закладки места, группы, люди и птицы с фильтрами и рейтингом, система адаптирована для мобильных устройств. Красота короче.


Довольно интересная система представлена на сайте The Atlas of Australian Birds. На карте отображаются точки наблюдений, а также можно подгрузить информацию об ООПТ, ключевых орнитологических территориях международного значения, слои биорегионов.

Не менее продвинутый ресурс Southern African Bird Atlas Project. Вот например страница с данными о ланнере.

На фоне Израиля, Австралии и Африки крайне бедно смотриться Атлас гнездящихся птиц Европы (The EBCC Atlas of European Breeding Birds). Сейчас на сайте выставлена интерактивная версия морально устаревшего атласа в котором и по России данные ущербные, а местами и весьма сомнительные. Если бы был интерактив получше и поддерживался краудсорсинг, то система была бы супер, но....
По сложившейся традиции креплю картинку с данными о балобане
Saker Falcon in The EBCC Atlas of European Breeding Birds


Про Россию в следующем посте
Аватара пользователя
tester
 
Сообщения: 211
Зарегистрирован: 18 мар 2012, 18:57

Re: Онлайн-базы данных наблюдений птиц

Сообщение tester » 27 окт 2014, 05:33

В России-матушке онлайн-базы данных наблюдений птиц начали развиваться достаточно стремительно буквально в последние 2-3 года.

Первая в сети появилась пожалуй База данных учетов птиц на проекте Турухтан.

Но летом 2013 г. она похоже прмерла. Последняя заполненная карточка учета приходится на 13.12.13 г. с большим перерывом после августа. Символичная дата для кончины, ничего не скажешь. Но надеюсь, что это все же не окончательная смерть базы, а пока лишь клиническая.
В системе УЧЕТОВ: 414 ВИДОВ: 260 ОСОБЕЙ: 433476 По хищникам данных мало, в основном это данные Олега Мурадова, который к сожалению разбился в ходе очередной проверки гнезда сапсана (светлая ему память), оставив после себя чудесный фильм о сапсанах


Наиболее продвинутая и динамично развивающаяся российская система - это "Онлайн дневники наблюдений" на базе 1С: Предприятие 8.3. Ссылки на официальный сайт БД и на сайт разработчика БД - Ильи Уколова. В системе можно создавать карточки наблюдений, гнездовые карточки и маршрутные карточки. Имеется возможность импорта/экспорта данных через MS Excel.
В системе за короткий срок ее существования скопилось уже много наблюдений благодаря конкурсу Большой год и программе Атлас гнездящихся птиц Европейской части России. Сейчас на карте отображается 10690 точек, но общая статистика на сайте показывает меньшие значения: количество активных наблюдателей: 141, количество введенных карточек: 4 287, количество встреченных видов: 596 из 915.

На сайте БД выводится рейтинг наблюдателей, что очень важно для привлечения любителей. В системе имеется возможность построения графиков по встречаемости видов.
Из недостатков:
- нет интерактивной связи между точками на карте и наблюдениями, т.е. карта это по сути картинка,
- нет возможности построения выборок, в том числе и картографических, по видам, регионам, наблюдателям, различным параметрам наблюдений.
Огромный плюс - система наполняется и развивается достаточно динамично, а значит есть перспективы ее долгожительства.

Ну вот я и добрался до Фаунистики. Большой ресурс wildlifemonitoring.ru с разделами "Пернатые хищники Мира" (он же программа "Фаунистика" RRRCN), "Птицы России (Северной Евразии)", "Нестбоксинг", а также региональными кадастрами краснокнижных видов, в том числе и птиц. В отличие от всех других онлайн-баз данных эта является полнофункциональной Веб-ГИС, в которой возможно не только создавать наблюдения с фотками или без оных, но и работать с навигатором (загружать в систему точки и треки в формате GPX), вести базу слоев, содержащих геометрические примитивы (точки, линии и полигоны), импортировать в систему данные в разных ГИС-форматах и экспортировать из нее (поддерживаются CSV, KML/KMZ, Шейп-файлы ESRI, TAB-файлы MapInfo). Продвинутый фильтр позволяет строить выборки по видам, наблюдателям, странам, регионам и районам, датам наблюдений, ключевым словам в примечании. По любой выборке, которая может еще и корректироваться вручную, может быть построен отчет в MS Word, фотоотчет в HTML и сформирован ГИС-слой в форматах KML/KMZ, Шейп-файлов ESRI, TAB-файлов MapInfo. Точки на карте или строки в таблице как в любой ГИС связаны с наблюдениями, в которые возможен переход кликом на точку или соответствующую ячейку таблицы. Вобщем круть неимоверная. Движок системы кстати носит название СГПА, или Система Геопозиционного Анкетирования.
Пернатые хищники Мира - все данные

Пернатые хищники Мира - выборка балобанов на карте

Пернатые хищники Мира - выборка балобанов на диаграмме и графике

В Пернатых хищниках Мира - самом старом разделе, которому вроде как уже 2 года, сейчас Авторов 68 Фотографий 15065 Наблюдений 11981 Точек 8627
В свеженьком разделе Птицы России (Северной Евразии) - Авторов 21 Фотографий 2818 Наблюдений 3215 Точек 1116
Птицы России (Северной Евразии) - все данные

В Нестбоксинге - Авторов 7 Фотографий 1477 Наблюдений 1150 Точек 636
Нестбоксинг - все данные

В сумме сейчас в птичьих разделах на wildlifemonitoring.ru 16346 наблюдений в 10379 точках, из которых открытыми для всех посетителей являются 3705 точек (35%), что связано с тем, что основная масса сведений в системах - это гнезда редких видов.
Недостатком системы является отсутствие возможности загружать в базу полные чек-листы с отдельным параметром для каждого вносимого вида - численность.

Ну вот пожалуй и все в России.

В заключении не могу обойти стороной великолепный сайт "Птицы Казахстана". Это конечно не полноценная онлайн-БД наблюдений, но все же ценный ресурс на котором сосредоточена огромная информация , проверяемая профессионалами. Сайт позволяет отображать на карте точки как всех наблюдений вида, так и отдельного наблюдения.

Если у кого-то есть дополнения, присылайте. Критика обзора тоже приветствуется.
Аватара пользователя
tester
 
Сообщения: 211
Зарегистрирован: 18 мар 2012, 18:57

Re: Онлайн-базы данных наблюдений птиц

Сообщение shtol » 27 окт 2014, 09:00

Но, как я понял, фаунистика - единственная из систем, которая работает с треками и точками с GPS?
Аватара пользователя
shtol
 
Сообщения: 291
Зарегистрирован: 22 май 2012, 16:29
Откуда: Новосибирск

Re: Онлайн-базы данных наблюдений птиц

Сообщение iiukolov » 27 окт 2014, 14:18

Спасибо за обзор, тема интересная. Возможности систем поражают, особенно интересен функционал работы со слоями, ареалами и т.д. Есть куда развиваться. Что касается "Онлайн дневников наблюдений", то тут маленькая неточность:

"Из недостатков:
- нет интерактивной связи между точками на карте и наблюдениями, т.е. карта это по сути картинка,
- нет возможности построения выборок, в том числе и картографических, по видам, регионам, наблюдателям, различным параметрам наблюдений."

Этих возможностей нет на сайте ru-birds, а не в БД. В БД все это работает, а функционал отчетности и выборок просто огромный, т.к. любая выборка построена универсальным образом. Отбирай хоть по биотопу, хоть по температуре воздуха (если указана). И из точки провалиться в карточку тоже можно внутри БД.

Еще одно ограничение: на сайте отображаются только точки за последний год, а не все данные из БД. Т.е. это по сути действительно картинка, которая отражает активность пользователей за последний год. Дублировать функционал БД на сайте особо не хочется, т.к. это потребует больших ресурсов, которыми я не обладаю. Найдется человек, который захочет это развивать - всегда пожалуйста.
Аватара пользователя
iiukolov
 
Сообщения: 7
Зарегистрирован: 21 ноя 2013, 12:18

Re: Онлайн-базы данных наблюдений птиц

Сообщение tester » 28 окт 2014, 13:26

shtol писал(а):Но, как я понял, фаунистика - единственная из систем, которая работает с треками и точками с GPS?

Да. Потому что фаунистика это веб-гис, а все что имеется сейчас онлайн за рубежом, все таки просто БД. Многие как я понял связанны с полноценными ГИС, где ведется обработка данных, но для простых пользователей, обращающихся к базам через http ГИСовый функционал этот не доступен.

iiukolov писал(а):Что касается "Онлайн дневников наблюдений", то тут маленькая неточность:
"Из недостатков:
- нет интерактивной связи между точками на карте и наблюдениями, т.е. карта это по сути картинка,
- нет возможности построения выборок, в том числе и картографических, по видам, регионам, наблюдателям, различным параметрам наблюдений."
Этих возможностей нет на сайте ru-birds, а не в БД. В БД все это работает, а функционал отчетности и выборок просто огромный, т.к. любая выборка построена универсальным образом. Отбирай хоть по биотопу, хоть по температуре воздуха (если указана). И из точки провалиться в карточку тоже можно внутри БД.
Еще одно ограничение: на сайте отображаются только точки за последний год, а не все данные из БД. Т.е. это по сути действительно картинка, которая отражает активность пользователей за последний год. Дублировать функционал БД на сайте особо не хочется, т.к. это потребует больших ресурсов, которыми я не обладаю. Найдется человек, который захочет это развивать - всегда пожалуйста.

Я к сожалению не зарегистрирован в ОДН или как база официально называется? Смотрел на систему чисто со стороны, оценивая то, что вынесено на всеобщее обозрение. В фаунистике же тоже работа с навигаторами и экспорт в ГИС только для зарегистрированных пользователей, поэтому человек со стороны об этих примочках и не узнает.
Отлично конечно если возможности по фильтрации неограничены и даже есть полноценная связь базы с картой в обе стороны.
Илья, у меня созрело несколько вопрорсов по ОДН.
Какие возможности для импорта данных в ОДН? Как я понял можно импортировать чек-лист, а расширенный аналог карточки наблюдения или гнездовой карточки с полными данными? Вот веду я например базу в QGIS в шейпах и хочу не напрягаясь делиться этой информацией с сообществом ОДН. Что для этого надо мне сделать? В каком формате и какой файл собрать?
Можно ли увидеть формы карточек в каком-то общеизвестном формате, хотя бы в экселе?
Если я хочу вывести свои данные, а также данные друзей по ОДН в QGIS без потери информации, могу ли я это сделать, и если да, то что я должен сделать для этого?
Какие плюсы пользователь получает, добавляя свои данные в систему (ну естественно кроме понятного приобщения к сообществу). Т.е. что система может предложить такого, чего пользователь не сделает в других системах?

По фаунистике могу привести примеры основных вкусняшек:
1. Импорт GPX, в том числе и кастомных с полем название вида
2. Работа с KML/KMZ - импорт/экспорт/редактирование - т.о. полная интеграция с сообществом гугла
2. Пакетное создание наблюдений автоматической привязкой фоток к точкам из навигатора.
3. Вывод данных своих и друзей в самые распространенные ГИС-форматы
Игорь, Данил, я ничего не забыл?
Аватара пользователя
tester
 
Сообщения: 211
Зарегистрирован: 18 мар 2012, 18:57

Re: Онлайн-базы данных наблюдений птиц

Сообщение deadka » 29 окт 2014, 01:15

tester писал(а):
По фаунистике могу привести примеры основных вкусняшек:
1. Импорт GPX, в том числе и кастомных с полем название вида
2. Работа с KML/KMZ - импорт/экспорт/редактирование - т.о. полная интеграция с сообществом гугла
3. Пакетное создание наблюдений автоматической привязкой фоток к точкам из навигатора.
4. Вывод данных своих и друзей в самые распространенные ГИС-форматы
Игорь, Данил, я ничего не забыл?


Дима, чтоб говорить о "забыл" в контексте упоминания вкусняшки нужно понимать, о чем речь идёт :).
Другие веб-гис на птиц командой разработчиков на сегодняшний день не очень изучены, так что затруднюсь вести полноценое сравнение.

По сабжу что можно сказать:

1. У gpx пока только импорт, про экспорт речь редко заходила. Но если кому-то всерьез потребуется - думаю, появится.
2. В системе есть несколько слоев (наблюдения, пользовательские примитивы, gpx'ы). Слои наблюдений и польз. примитивов экспортируются в такие гис-форматы как shp, tab, kml (наблюдения еще в csv), думали еще про mif/mid, импорт же делается в польз. слоях только из kml, а в наблюдениях только из xlsx. Импорт делать всегда куда сложнее, чем экспорт :).
3. При импорте архива фоток действительно, если в exif-данных фотки есть координаты, то точка может быть создана автоматически. Ну или, если идет привязка к конкретному треку - то есть возможность привязываться по времени.

Дальше слово лучше передать Игорю :).
Я на даче, оперу пишу
deadka
 
Сообщения: 86
Зарегистрирован: 11 апр 2012, 03:38

Re: Онлайн-базы данных наблюдений птиц

Сообщение tester » 29 окт 2014, 02:22

deadka писал(а):Другие веб-гис на птиц командой разработчиков на сегодняшний день не очень изучены, так что затруднюсь вести полноценое сравнение.

Собственно их не так уж и много. Из тех, которые работают с каким-то биолого-природоохранным контентом это Геомиксер и какие-то поделки от NextGIS. На обоих я не видел реализованного краудсорсингового проекта по биоте, но он вполне возможен.
Краткий обзор по геомиксеру
Собственно на Гис-лабе Наталья Новоселова задавала вопросы, на что ей ответили, что в Геомиксере
1. Каждый зарегистрированный пользователь (и\или имеющий пароль к одному входу) может со своего рабочего места создавать прямо в Веб ГИС карте свои геоданные.
2. Каждый зарегистрированный пользователь может заносить на карту свои данные:
-геоданные, созданные в других ГИС приложениях (shp, kmz – как наиболее ходовые), с атрибутивными таблицами и возникающими инф. окнами по ним,
- с возможностью к каждому объекту присоединять приложение (в прямом виде в виде файла – doc, pdf, jpg или в виде URL на него (как это в ArcGIS Online)
3. Имеется возможность оформления слоев с богатым набором и сделать заметным на карте размещенное приложение (в виде значка «фотография», «ссылка») через TileMile, настраиваться через html- контейнер
4. Имется возможность создавать в Веб ГИС карте базу данных – чтобы она была местом самостоятельного хранения гео-данных и приложений, так, чтобы любой пользователь мог взять всё оттуда.
Геомиксер реально крут и очень серьезно развивается, но он тяжелый и сложный для основной массы обывателей.

Главное что его тоже надо подгонять под задачи фаунистики, а это ресурсы, время, деньги.
Аватара пользователя
tester
 
Сообщения: 211
Зарегистрирован: 18 мар 2012, 18:57

Re: Онлайн-базы данных наблюдений птиц

Сообщение f_s_c » 02 дек 2014, 20:40

Не знала в какую тему написать, поэтому решила вот сюда.
Мне потребовалась карта ареала коршуна. Покопавшись в инете я поняла, что только на МОЛе можно наковырять контура ареалов, сделанные на основе ГИС-слоев.
Здесь есть варианты из базы БирдЛайфа и еще из какой-то которая вообще непонятно где храниться.
Ареал коршуна по данным из базы BirdLife

Описание базы BirdLife

Ареал коршуна из какой-то альтернативной базы на Map of Life

Описание базы

Но с сайта МОЛ контура этих ареалов выдернуть нельзя ни в каком виде.
Ссылка в описании ведет на сайт БирдЛайфа, но на нем я так и не нашла где лежит эта база.
Подскажите пожалуйста люди добрые кто знает как можно получить эти контура ареалов в каком-то ГИС-формате. Или такой возможности нет?
И просьба к знатокам коршуна.
Посмотрите пожалуйста на эти версии ареала вида и скажите они правдоподобные? Что-то мне подсказывает что в Азии нет такой зоны сплошного распространения коршуна на гнездовании в степях и пустынях.
Аватара пользователя
f_s_c
 
Сообщения: 231
Фото: 1
Зарегистрирован: 17 мар 2012, 17:18

Re: Онлайн-базы данных наблюдений птиц

Сообщение tester » 02 дек 2014, 21:54

f_s_c писал(а):Подскажите пожалуйста люди добрые кто знает как можно получить эти контура ареалов в каком-то ГИС-формате. Или такой возможности нет?

Возможность есть всегда, вопрос какими средствами и усилиями.
Тут KMZ из базы BirdLife International
Аватара пользователя
tester
 
Сообщения: 211
Зарегистрирован: 18 мар 2012, 18:57

Re: Онлайн-базы данных наблюдений птиц

Сообщение f_s_c » 02 дек 2014, 23:19

Спасибо! Класс!
А чего на счет правдоподобности ареала?
Аватара пользователя
f_s_c
 
Сообщения: 231
Фото: 1
Зарегистрирован: 17 мар 2012, 17:18

След.

Вернуться в Фаунистика

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 1

cron